Para comprender la lógica de funcionamiento del programa, debemos tener en cuenta que Audacity organiza los datos con los que trabaja en base a proyectos o sesiones de trabajo que incluyen archivos tanto de audio como órdenes y decisiones de edición genéricamente llamados EDL (Listado de Decisiones de Edición).
Estos proyectos o sesiones de trabajo tienen la extensión AUP (Audacity Project)y no son archivos de audio, sino que es un conjunto de instrucciones acerca de los audios utilizados: su ubicación dentro del proyecto, el volumen con respecto a otros archivos, los procesos aplicados a los mismos, etc., por lo tanto solo se pueden abrir en Audacity.
En un proyecto de Audacity se almacenan todas las pistas, etiquetas, puntos de cambio de volumen, ganancia y panoramización de datos con los datos del proyecto. El sonido que utilizamos puede ser una grabación hecha en el mismo programa, de archivos guardados en nuestra PC, efectos generados o una mezcla de cualquiera de aquellos. Los proyectos nos permiten guardar todas las órdenes que le damos al programa y por ejemplo cerrar nuestra sesión de trabajo y volver sobre ella en cualquier otro momento.
Para guardar una sesión de trabajo debemos elegir la opción “Guardar Proyecto como”. Audacity entonces generará un archivo con el nombre elegido y la extensión AUP (el proyecto o sesión que nos permite recuperar o retomar nuestro trabajo), una carpeta con mismo nombre del proyecto y con la palabra _data

(contiene subcarpetas con los archivos de audio grabados en la sesión actual o aquellos que se importan al proyecto).
Es importante tener en cuenta dos cuestiones fundamentales:
- Para abrir un proyecto siempre debemos elegir la opción Abrir desde el menú archivo, pero si en cambio queremos trabajar con un archivo de audio estándar (wav, mp3, etc) siempre debemos agregarlo al proyecto mediante la opción “Importar => Audio”.
- Un proyecto (archivo AUP) no es un sonido sino un conjunto de archivos, por lo tanto, solo podrá ser abierto en Audacity. Si queremos reproducir nuestro trabajo en cualquier reproductor multimedia o grabarlo en un CD debemos utilizar el comando Exportar, dentro del Menú Archivo que consolida todos los archivos de audio y datos utilizados, en un solo archivo de audio con la extensión wav , mp3 o aquella que elijamos.