Hace referencia a la discriminación que surge de políticas institucionales. En estos casos, algunos supuestos favorecen de manera directa o indirecta a algunos individuos y perjudican a otros. Aunque las políticas de las instituciones deben ser justas para todos, esto no es siempre así.

Una variante de esta discriminación estructural es la discriminación positiva, que busca el efecto contrario, promocionar a ciertos colectivos que socialmente son más desfavorecidos y de ese modo obtienen una representación más igualitaria y equitativa. Las mujeres en algunos supuestos, las minorías raciales o las personas con discapacidades están sujetos en ocasiones a estos casos de discriminación positiva.

En la discriminación negativa ocurre lo contrario. La persona que es víctima de la discriminación es tratada de manera discriminada y perjudicial. Las personas con discapacidades la sufren a menudo a través de las barreras arquitectónicas, los límites en las infraestructuras que les impiden realizar su actividad diaria del mismo modo que las personas sin esas discapacidades.